Definición y significado de Parafylie

  Het ontbreken van Aves maakt Reptilia parafyletisch

Parafylie is een eigenschap van een taxonomische groep, ofwel taxon. Een taxon wordt parafyletisch genoemd als de laatste gemeenschappelijke voorouder van een groep organismen zelf wel tot dat taxon behoort (zodat het niet polyfyletisch is) maar niet alle afstammelingen ervan in de groep geplaatst zijn.

Een goed voorbeeld van een parafyletisch taxon is de klasse Reptilia. Dit taxon bevat traditioneel de hagedissen, slangen, schildpadden, de brughagedis en de krokodillen. Zij hebben allemaal wel een gezamenlijke voorouder die zelf een reptiel is, maar de vogels bijvoorbeeld stammen daar ook van af, omdat ook zij uit een groep 'reptielen' ontstaan zijn. De Reptilia zijn dus een parafyletische groep tenzij de vogels er ook bij geteld worden.

Taxa waartoe wel alle afstammelingen van de laatste gemeenschappelijke voorouder behoren, worden tegenwoordig meestal monofyletisch genoemd. In de moderne taxonomie streeft men er zo veel mogelijk naar alleen met monofyletische taxa te werken. Veel vroegere indelingen worden daarom als verouderd beschouwd. De mogelijkheid om het DNA van organismen te vergelijken heeft dit proces van herziening in een stroomversnelling gebracht.

Volgens de traditionele evolutionair-systematische definitie echter zijn parafyletische taxa echter ook monofyletisch, want afgeleid van een enkele voorouder, zij het dus ter exclusie van bepaalde afstammelingen. Traditioneel werd er aldus alleen een tegenstelling gemaakt tussen polyfyletisch en monofyletisch. Een tweede traditionele tegenstelling onderscheidde parafyletische groepen van holofyletische groepen die alle afstammelingen van een enkele voorouder omvatten. Holofylie kwam dus overeen met de cladistische definitie van monofylie.